يعتبر قطاع المالية من أهم القطاعات في الصندوق، وتأتي أهميته من علاقته المباشرة مع كل القطاعات الأخرى حيث إنه يقوم بعدة أعمال أهمها إعداد الميزانية للصندوق والإشراف عليها، وإحكام الرقابة في تنفيذها، كما يتم تحصيل جميع الإيرادات ورسوم الخدمات على القروض والأقساط المستحقة على المقترضين، ودراسة طلبات الجدولة للأقساط واستلام طلبات الإعفاءات للمقترضين المتوفين ودراستها، ومخاطبة الجهات الحكومية للحسم من المتعثرين في السداس.
ويقوم قطاع المالية بإعداد تقارير دورية (شهري، ربع سنوي، نصف سنوي، سنوي) يوضح من خلالها الوضع المالي بشكل كامل للصندوق، كما يختتم أعماله بإعداد الحساب الختامي للصندوق.
